Древний город Бейт Шеан был важным торговым и военно-стратегическим пунктом на протяжении почти всей истории страны. Бейт Шеан расположен в плодородной области на стыке Изреельской и Иорданской долин у реки Харод, что давало возможность контролировать торговый путь из Египта в Заиорданье и Сирию.
Название города, по-видимому, происходит от местного языческого бога солнца Шеана, или Шана.
Место было обитаемо с халколитического периода - 5 тысячелетие до нашей эры. Название впервые упоминается в египетских текстах 19 века до нашей эры. В эпоху еврейского поселения в Ханаане Бейт Шеан вошел в надел Менаше, однако его население оставалось ханаанским. Позже город был захвачен совместным филистимлянско-египетским войском. После смерти Саула и его сыновей в битве на горе Гильбоа), их тела были выставлены на стене городской башни Бейт Шеана.
Город был отвоеван у филистимлян лишь при царе Давиде. При царе Соломоне он стал одним из важнейших административных центров. В эпоху Второго Храма Бейт Шеан был эллинистическим городом, упоминаемым в древнегреческих мифах как Ниса, а позже назывался Скитополис, по легендарным скифам.
Сыновья Иоханана Гиркана завоевали город (107 год до нашей эры), изгнав из него язычников; в хасмонейский период город стал важным административным центром. С римским завоеванием город был вновь заселен язычниками и стал частью Декаполиса - конфедерации десяти эллинистических городов. Служил столицей римской провинции Палестина Секунда.
В византийский период был столицей Галилеи и Голан и имел значительное еврейское население в дополнение к христианскому большинству. Тогда население города было максимальным - около 40 тысяч человек. В те времена здесь печатались даже собственные монеты, найденные в раскопках. В середине 7 века Бейт Шеан покорился захватчикам - арабам и стал частью империи Омеядов.
Во время мусульманского вторжения Бейт Шеан был полностью уничтожен и отстроен заново. Сильнейшее за всю историю Израиля землетрясение помогло городу перейти в руки династии Аббасидов в середине 8 века. По-арабски он назывался Бетсан. В крестоносский период здесь существовала небольшая крепость. Во время британского мандата был арабским городом, служившим окружным центром.
В годы арабских беспорядков (1936-39) отсюда осуществлялись нападения на окружающие еврейские сельскохозяйственные поселения. После захвата города силами Хаганы арабское население покинуло Бейт Шеан.
Сегодня на вершине городища самой старой части города хорошо видно мертвое дерево, поставленное здесь при съемках фильма «Иисус Христос - Суперстар».
Бейт Шеан - один из древнейших городов на Ближнем Востоке, при раскопках городища обнаружено более 20 культурных слоев, причем самые верхние 5 были полностью срыты при первых исследованиях. Самые древние культурные слои относятся к периодам ранней и поздней бронзы. После американских раскопок 20-х годов и еще в течении 7 лет тель раскапывался Ами Мазаром.
На теле обнаружен египетский город - единственный вне территории Египта. Город был основан фараоном Тутмосом III во время знаменитой кампании Мегидо, о чем есть надпись на стеле, хранящейся в музее Рокфеллера. В восточном углу сохранилась городская башня 11 века до нашей эры, возможно та самая, на которой были выставлены тела царя Саула его сыновей.
Городище Бейт Шеана располагается к северу от центра города, однако на территории современного строительства также найдены многочисленные древности, относящиеся к различным периодам - римский амфитеатр на 7 тысяч мест и остатки синагоги 4 -5 веков в виде базилики (другая - самаритянская - синагога с мозаичным полом, на котором изображен Ковчег завета, также обнаружена к северу от города).
В основной части городища раскопан разрушенный землетрясением (однако сравнительно хорошо сохранившийся) византийский город с остатками великолепный жилых и общественных зданий, улиц, храмов, бань и т.п. В самом городе раскопан большой театр 2 века нашей эры, наиболее хорошо сохранившийся из античных театров в Израиле с прилегающим к нему жилым кварталом. В окрестностях Бейт Шеана находятся также остатки арабских и турецких строений, начиная с первой половины 14 века.
Тель является высшей точкой города и находится на высоте 103 метра под уровнем моря. Отсюда есть прямая видимость с Кохав ха-Ярден, где при крестоносцах была главная крепость района. Отсюда также хорошо видна Изреельская долина, гора Гильбоа и Рамот Иссахар.